康熙时期发生了两起较大的文字狱案，一起是康熙初年的《明史》案，另一起是康熙后期的《南山集》案。
明史案起于庄廷珑。庄廷珑，浙江湖州人，家中豪富，想写一部《明史》留名于世，到处搜罗资料。同乡朱国祯曾著《明史》，有《列朝诸臣传》等手稿没有刻印。朱国祯死后，家道中落，家人听说庄廷珑想写《明史》，就以千两银子的高价把《列朝诸臣传》等先人未刻印的手稿卖给了庄廷珑。庄廷珑在朱国祯的手稿署上自己的姓名，又补写了崇祯朝的事迹，就刻印发行了。书中有许多指斥清朝的语言。被罢官的原归安知县吴之荣(此人还见于金庸小说《鹿鼎记》中，也算得上是遗臭万年了!)是个阴险小人，看到此书后眼睛一亮，认为这是一块再入官场的绝妙敲门砖，至少也可敲诈一笔财富。他到庄氏家中进行敲诈，分文未得，便向将军松魁告发。松魁移命巡抚朱昌祚处理，朱昌祚又转交督学胡尚衡。庄氏向胡尚衡行了重贿，将书中指斥清人的文字修改重刻，事情也就不了了之。吴之荣分文未得，一气之下便拿着初版告到北京，由刑部立案追究，掀起大狱。
庄廷珑已死，开棺戮尸，其弟庄廷钺受牵连被诛。原礼部侍郎李令哲曾为该书作序，本人伏法还株连了四个儿子。主审官见其小儿子刚16岁，让他在口供中减少一岁，并告诉他只要减少一岁，按当朝惯例就可免死充军了。令哲小儿子悲伤地说：“父兄俱死，不忍独生。”终于未改口供，随父兄一起赴难。令哲的序中提到了朱氏，指的是朱国祯。吴之荣与南浔富人朱佑明结怨，硬说序中朱氏指的是朱佑明，于是朱佑明父子六人被吴嫁祸而死。松魁被免官，幕僚程维藩被处死。朱昌祚、胡尚衡向主审官行贿，把罪责推给初审此案的学官，自己免难，学官被诛。湖州太守谭希闵才上任半月，还没弄清是怎么回事就以隐匿罪糊里糊涂地被绞死了。凡校书、刻书、卖书以及书中牵连人名者一律丧命。
《明史》案冤死者七十余人，死者妻子大都发配边疆。《南山集》案起于戴名世。戴名世，安徽桐城人，自幼聪颖好学，收集明朝史迹，编写了一部《南山集》。《南山集》中采用了同乡方孝标的不少材料。方孝标做过平西王吴三桂的官，吴三桂叛乱后，他投降>清朝比较早，得以免罪。后来写了《钝斋文集》和《滇黔记闻》，记录了南明的一些异事奇闻。戴名世感到很新鲜，便把其中的南明事迹采入《南山集》，并以南明桂王死后次年为清朝定鼎之年。
《南山集》由许多人作序，捐资刊印，刻版寄藏于方苞家中。后来戴名世考中进士，在翰林院做编修。康熙五十年(1711年)，左都御史告发戴名世妄窃文名，恃才放荡，私刻文集，信口游谈，具有浓厚的反清意识。主审官判戴名世凌迟处死，族皆弃市，年幼孤儿发配边疆。凡作序捐资者一律绞死。方孝标已死，当开棺戮尸，量刑同于戴名世。其他有牵连的32名官员给予降职罢官处分。整个案件牵连人数多达几百，仅判死刑者就有三百余人。后来康熙赦免了一些人的死罪，但仍然有很多人因此丧命。
清朝初年，满汉之间存在着一定的民族矛盾。汉族士大夫受清室压迫，借文字发泄愤恨的情况是有的;明末遗臣故老著书立说，时而流露出山河故国之思，这种情况也是有的。《明史》和《南山集》二案的起因就多少带有这种色彩。清朝统治者对这个问题很敏感，为加强思想统治，防微杜渐，一旦发现就严厉打击，后来变得神经质，又加之官场矛盾，于是发生了一连串的文字狱。其中多无根据，只是捕风捉影滥杀无辜而已。
雍正四年(1726年)，清朝海宁人查嗣庭担任江西主考官，所出试题用了《诗经》中有“维民所止”一句。有人说他居心叵测，“维止”二字意在削去“雍正”二字的头。雍正闻听大骂，让人搜罗他的罪过，忿忿地对群臣说：“查嗣庭向来依附隆科多。隆科多曾经举荐过他，朕让他在内庭行走，任为内阁学士，见他语言虚伪，鬼头鬼脑，料其心术不正，从来就没信用过他。后来礼部侍郎缺人，他又受人推荐。今年各省乡试，朕以为江西是大省，应该有位朝庭大员典拿考试，就派他做了主考官。他在江西所出的试题含沙射影，嘲笑现实。
据此分析，他平日必有反对当朝的文字记录，于是派人搜查他的住所行囊，果然查获两本反动日记。日记内容悖乱荒唐，造谣诽谤，捏造了许多根本没影儿的事，例如说热河的偶然水灾淹死官员八百人等等，纯粹是子虚乌有的一派胡言，他竟然公然捏造，还用文字记录下来。至于做出的受人请托、代人营求的勾当，更是不胜枚举。他还记录了科场关节，又有科场作弊书信，都很诡秘。如果仅以科场题目论罪，天下人必然认为查嗣庭出于无心，偶因文字疏误遭受刑罚，为他鸣冤叫屈。现在罪恶滔天，证据确凿，还有何理由为他辩解呢?你们汉族官员都读史书、通古今，纵观历代王朝，当知没有任何一代比我大清朝更“正”。 查嗣庭逆行天意，恶毒攻击我朝，绝对不可轻饶!”查嗣庭被捕，病死狱中，被戮尸示众，儿子处死，家属流放。
查嗣庭之狱，主要“罪证”无非是科场题目。类似情况还有很多，如翰林院庶吉士徐骏诗稿中有“清风不识字，何得乱翻书”一句，犯了清朝大忌。刑部对他的判决书说：“原任庶吉士徐骏，居心叵测，狂诞成性，在诗稿中影射讥讪我大清，按大不敬律处斩，立即执行，诗稿一律焚毁。”此案也是仅因文字犯忌，没有其他罪证。
雍正年间最大的文字狱案是吕留良案。吕留良，浙江石门人，清朝初年曾应试为诸生，几次参加乡试都没考中，气愤中抛弃仕途，讲学乡里，其子葆中考中进士在翰林院任职，吕留良却自称明朝遗民，不肯屈志归清。他长期隐居山林，授徒讲学，著书立说，名声越来越大，成为著名的道学先生，地方官多次举他为官，他始终不肯出山。后来削发为僧，死于康熙二十二年。吕留良的著作中记载了许多清朝事迹，下笔行文毫无顾忌，尤其对康熙时政指斥颇多。吕留良死后，书稿藏于家中。湖南靖州人曾静到州城应试，看到吕留良的部分诗文，文中力倡华夷之别，他很感兴趣，就派弟子张熙到吕留良家中求吕氏遗书。葆中热情接待张熙，把先父遗书全部给了他，并向他介绍了吕留良之徒严鸿逵以及严鸿逵之徒沈在宽等人。曾静、张熙、严鸿逵、沈在宽等往来密切，志趣相投，以华夷之别为思想基础，谋图反清复明。当时恰值雍正抑制宗室，猜忌功臣，胤祀、胤禟和年羹尧等人先后被治罪，其党徒造作流言，攻击雍正不得人心，行将垮台。
曾静等人误信流言，认为反清复明时机成熟。他们听说川陕总督岳钟琪是年羹的部将，两次要求入京朝见雍正皆遭拒绝，对雍正又恨又怕，正暗自担心;又听说岳钟琪是岳飞的后裔，而满清则是金人后裔，岳氏与清朝恰为世仇。于是便策划了一番，决定借助于岳钟琪的兵力反清复明，派张熙前往游说。张熙向岳钟琪投递一封书信，上面列举了雍正的九大罪状：弑父、逼母、害兄、屠弟、贪财、好杀、酗酒、好淫、诛忠用佞。力劝岳钟琪拥兵举义，光复明室。岳钟琪收到书信后大吃一惊。为了擒得主谋，他佯装赞同张熙意见，与张熙订盟起誓，同生死共患难，让张熙请出其师友辅佐起事。张熙信以为真，供出曾静，岳钟琪又佯装迎请曾静，将二人送往北京，接受雍正亲审。曾静、张熙一见皇帝，才明白被岳钟琪出卖，立即伏地认罪，供出了事情的全部真相。雍正传命浙江总督，查抄吕留良、严鸿逵、沈在宽等人家藏书籍，连同所有人犯一起解送京师审讯。雍正亲阅吕留良书稿，研究吕留良的反清思想，认为应该就此案大造舆论，从理论上批驳华夷有别说，在意识形态领域大树特树清朝正统观念。他将已死的吕留良、吕葆中和严鸿逵戮尸，沈在宽凌迟，吕、严亲族16岁以上男子全部斩首，妇女幼童发往东北边疆为奴。将此案中曾静、张熙的口供和谕旨编为《大义觉迷录》，颁发全国各地，又让曾静、张熙二人亲到浙江地区去宣讲，当众忏悔认罪，消弥反清意识，雍正宣布不杀曾静、张熙，也不许自己的子孙杀他们。官面原因是他们认罪态度好，而实际上却是拿他们当工具使。但后来乾隆一即位，看不起这两个软骨头，就以这两人曾经恶语中伤先帝为由，将他们杀了。
乾隆时期也有许多文字狱，比较有名的是胡中藻诗狱。胡中藻是鄂尔泰的学生，鄂尔泰和张廷玉都是雍正的得力军机大臣，同受雍正遗诏辅佐乾隆。乾隆即位后，二人发生矛盾，依附二人的官员也分成两派，互相攻击，乾隆知道这种情况后曾多次进行调解。后来鄂尔泰死去，张廷玉也退休，但两派仍然倾轧不已。鄂尔泰是满人，党徒多为满人官员;张廷玉是汉人，党徒多为汉人官员。满汉官员之间互相猜疑，从而发生了胡中藻诗狱。胡中藻是鄂尔泰的门生，为内阁学士，作了一本《坚磨生诗集》，极力颂扬鄂尔泰，攻击张廷玉。鄂尔泰之侄鄂昌任广西巡抚，援引世谊，与胡世藻作诗对答，往复唱和。乾隆很厌恶朋党门户之争，见多次调解无效，就想借文字狱惩一儆百，刹一刹党争恶风。他从胡中藻诗中摘出许多句子，进行曲解。例如，“一把心肠论浊清”一句，说作者故意把“浊”字加于清朝国号之上。“南斗送我南，北斗送我北”一句，说作者南北分提有意制造满汉对立。“亦天之子亦菜衣”一句，说天子句中用两个“亦”字是大不敬等等。此外，又摘出胡中藻主考时所出试题，内有“乾三爻不像龙说”，说：“乾隆及朕的年号，龙与隆同音，这显然是有意诋毁于朕。”又指责鄂昌说：“出身于满洲，历任巡抚，见此等犯上诗文非但不知愤恨，反而丧心病狂，与之唱和，真是罪不容诛。”结果胡中藻被抄家，判为凌迟，后改为弃市。鄂昌赐死，连鄂尔泰的灵牌也撤出了贤良祠。
其他文字狱也是多由文字狱牵强形成的。扬州举人徐述夔的诗中有“大明天子重相见，且把壶儿搁半边”、“明朝期振翮，一举去清都”等句，被牵强为灭清兴明。礼部尚书沈德潜作诗咏黑牡丹，有“夺朱非正色，异种也称王”之句，被曲解为辱骂满清夺了朱氏江山。二从皆被戮尸。江苏生员韦玉振行文中僭用了一个“赦”字，被仗刑三百，服役三年。湖北生员程明湮给人写寿文，用了“创大业”三字，被凌迟处死，亲属也受到牵连。安徽贡生方芬的诗集中有“蒹葭欲白露华清，梦里哀鸿听转明”一句，被刨坟戮尸，祸延子孙。“清风”、“明月”是历代文人的热门话题，作诗行文稍有不慎，就被牵强成罪，横受诛戮。文字狱的兴起给一些挟怨小人提供了报仇之机，挖空心思在对方诗文中寻字摘句，进行诬陷，狱案一成就是家破人亡，株连亲友。
文化为避免文字狱，常常将涉嫌字眼改成其他字代替，或者干脆空起来，往往搞得文理不通，雅韵全无。后来连“胡”、“虏”、“夷”、“狄”等也成了避讳字，书籍中往往空格不刻。乾隆为此特发一道谕旨，说：“本朝人刊写书籍，凡遇胡虏夷狄等字常作空白，有的还改夷为彝，改虏为卤，这类情况很多。揣其本意，无非是为本朝忌讳，以表示作者的敬慎，其实不知这种作法本身就是相当不敬的。孟子说过舜是东夷人，文王是西夷人。可见夷狄等字不过是方域称谓，自古以来圣贤们并不避讳。至于把虏安强加于本朝，那是极其荒谬的。汉、唐、宋、元、明，历代边疆烽火不息，常指不能臣服之国为虏。我满洲原居东海水滨，若说是东夷之人无所不可，若说是虏就大错特错了。现在普天之下都是大清臣民，连穷边远徼都不忍视之为虏，岂可把虏字加之满洲族呢?只有准葛尔违背天命，总是不愿接受王化，不断叛乱，或许对他们才可以称为胡虏。总之大清承受天命，统一宇内，中外一家，上下一体，境内各族不得互相歧视。从今以后，凡临文作字以及刊刻书籍，都不得像以前那样胡乱避讳，空格改字，否则以大不敬治罪。”
文字狱使广大文人学者无所适从，于是不少人逃避现实，埋头于古纸堆中作考据性的学问，从而形成了中国学术史上的一个著名学派，即乾嘉学派。乾嘉学派源于明清之际的顾炎武，起初主张根据经书和史书立论，达到救世目的，到乾隆、嘉庆时期兴盛起来，学者们推崇汉儒古文经学的训诂方法，考证原委，条理阐发，并用于古籍整理和各方面学术探索。其研究范围以经学为中心而衍及文学、音韵、史学、天算、水地、典制、金石、校勘、辑逸等等，引证资料多极于两汉。因为兴起于乾隆、嘉害年间，故称为乾嘉学派;反对浮华，提倡朴实，故又称“汉学”和“朴学”。这个学派对中国古籍和史料整理研究作出了很大贡献，其研究方法历代相沿，对后来的学术界产生过深远影响。汉学纠正了理学的空疏之风，但也有为考据而考据的繁琐流弊。