滁州山川连接秦岭—大别山脉的皖山山脉绵延向东北，经合肥市东北部延伸于市境五尖山、皇甫山、磨盘山、张八岭、老嘉山、长山、芝麻岭，形成江淮分水岭。

市境地跨长江、淮河两大流域，境内河流分属三大水系，即淮河干流水系、滁河水系和高邮湖水系。市境淮河干流水系主要支流有窑河、天河、濠河、板桥河、小溪河和池河。

滁河水系主要支流有小马厂河、管坝河、大马厂河、襄河、土桥河、清流河、来安河、沛河、皂河等。高邮湖水系主要支流有白塔河、铜龙河、杨村河、王桥河、秦栏河以及白塔河的主要支流川桥河等。